En el año 1986 la Asociación de Futbolistas Españoles (AFE), presidida en aquel momento por Juan José Iriarte, encomendó al miembro de la Junta Directiva y entonces jugador del Real Madrid CF y de la Selección Española, Juan Gómez "JUANITO", poner en marcha la Escuela de Fútbol AFE, con el objetivo de ofrecer una formación tanto futbolística como académica, a los jóvenes alumnos cuyas edades oscilarían entre los 10 y 16 años.
Esta Escuela implantó un método y desarrollo diferente a las que existen en el fútbol base español, priorizando la educación y formación integral del alumno, creando así hábitos saludables para su futuro.
Para alcanzar los fines propuestos por la Escuela de Fútbol AFE, se firmó un acuerdo de colaboración con el Excelentísimo Ayuntamiento de Madrid.
Para la aplicación de los métodos y el desarrollo de las programaciones establecidas, la Asociación decidió contar con afiliados que contasen con la titulación necesaria.
Tras Juan Gómez "JUANITO, han participado como directores, a lo largo de los más de 25 años de la Escuela de Fútbol AFE, los jugadores internacionales José Antonio Camacho, Antonio Maceda y Álvaro Negredo.
En la actualidad, Fernando Zambrano es el presidente de la Escuela de Fútbol AFE, que cuenta con sede en Madrid, Córdoba y Murcia.
La Escuela de Fútbol AFE Madrid está compuesta por once equipos que participan en categoría masculina y tres en categoría femenina, que disputan las competiciones organizadas por la Real Federación de Fútbol de Madrid (RFFM).
Dos equipos masculinos participan en categoría benjamín, tres en categoría alevín, dos en categoría Infantil, otro dos en categoría cadete, y otros dos en Juvenil. Mientras los conjunto femeninos se dividen en dos equipos juveniles y uno cadete.
La Escuela de Fútbol AFE Córdoba cuenta con nueve equipos masculinos: dos Prebenjamines, dos Benjamines, dos Alevines, dos infantiles y un cadete, que participan en categoría benjamín y alevín, en las competiciones organizadas por la Real Federación Andaluza de Fútbol (RFAF).
Por su parte, en Murcia cuentan con cinco equipos masculinos: uno en debutantes, dos prebenjamines, un benjamín y un alevín, que compiten en la Federación de Fútbol Región de Murcia (FFRM)
La Escuela de AFE, tiene establecidas normas particulares, en partidos, encaminadas a beneficiar el aprendizaje y participación del alumno en la competición.