En el año 1986 la Asociación de Futbolistas Españoles (AFE), presidida en aquel momento por Juan José Iriarte, encomendó al miembro de la junta directiva y entonces jugador del Real Madrid C.F. y de la Selección Española, Juan Gómez ‘Juanito’, poner en marcha la Escuela de Fútbol AFE, con el objetivo de ofrecer una formación tanto futbolística como académica, a los jóvenes alumnos cuyas edades oscilarían entre los 10 y 16 años.
Esta escuela implantó un método y desarrollo diferente a las que existen en el fútbol base español, priorizando la educación y la formación integral del alumnado, creando así hábitos saludables para su futuro.
Tras Juan Gómez ‘Juanito’, han participado como directores, a lo largo de los 35 años de la Escuela de Fútbol AFE, los jugadores internacionales José Antonio Camacho, Antonio Maceda y Álvaro Negredo, antiguo alumno y actual jugador del Cádiz C.F.
En la actualidad, Fernando Zambrano es el presidente de la Escuela de Fútbol AFE, que cuenta con sedes en Madrid, Córdoba y Murcia, y José María Movilla, el director deportivo.
Por la escuela han pasado algunos alumnos de la talla de Álvaro Negredo (Cádiz C.F.), Jorge Cuenca (Getafe C.F.), Daniel González (Atlético de Madrid), Borja Gómez (Rayo Vallecano, A.D. Alcorcón, entre otros) y Marcos Tébar (Real Madrid, Almería y Girona).